Für die grafische Umsetzung nutzte Cryo die selbstentwickelte, jedoch schon etwas in die Jahre gekommene OmniSync-Engine, die auch schon bei Spielen wie Atlantis 1 bis 3 zum Einsatz kam. Die OmniSync-Engine ermöglicht es dem Spieler, nacheinander fixierte Kamerapunkte in der vorgerenderten Spielwelt anzusteuern. Von diesen Fixpunkten aus kann er die Spielwelt in einer kompletten Rundum-Sicht betrachten und die seltsamen Maschinen und mysteriösen Gegenstände genauestens in Augenschein nehmen.

Trotz logischer Rätsel und einer stimmungsvollen Spielgrafik (inspiriert von Originalillustrationen aus dem 19. Jahrhundert) verbringt man einen beträchtlichen Teil der Spielzeit allein damit, einen Teil der sehr gut versteckten Utensilien ausfindig zu machen. Um beispielsweise zu Spielbeginn überhaupt die Schleuse passieren und damit die Nautilus betreten zu können, benötigt man eine Metallkugel, die sich als winziger Pixelfleck in einem unübersichtlichen Regal befindet. Ein großer Bildschirm und viel Geduld sind daher gute Voraussetzungen, um an den Geheimnissen der Nautilus Gefallen zu finden. Hätten die Entwickler auf diese langwierigen Sucheinlagen verzichtet, wäre dem Spiel der etwas zähe Ablauf erspart geblieben. Nimmt sich der Spieler jedoch die Zeit, sich auf dieses altmodische Unterwasserabenteuer einzulassen, erwartet ihn eine phantasievolle Hintergrundgeschichte über das letzte Abenteuer der Nautilus, das Schicksal von Kapitän Nemo und die letzten Geheimnisse seiner wissenschaftlichen Forschungen.