Als Drake einem SOS-Signal folgt und sein Hauptschiff unbeaufsichtigt zurücklässt, tappt er in eine Falle. Das vermeintlich in Not geratene Boot entpuppt sich als gut bewaffnetes Piratenschiff. Weit von seinem schützenden Frachtschiff entfernt, wird er hinterrücks angegriffen. Doch der Pirat scheint einen über den Durst getrunken zu haben, so dass es Drake gelingt, ihn in die Flucht zu schlagen. Als er die Rückreise antritt, muss er jedoch zu seinem Entsetzen über Funk mitverfolgen, wie sein Frachter von einer anderen Piratengruppe geentert wird. Um dem sicheren Tod in den Tiefen des Meeres zu entgehen, bleibt ihm keine andere Wahl, als zu seinem Frachter zurückzukehren und sich den neuen Besitzern als Mitstreiter anzubieten. Nachdem er sich in den ersten Missionen als geschickter Kämpfer bewiesen hat, erfährt er in einer Unterwasserstadt Neues über seinen Vater und ein gut gehütetes Familiengeheimnis. Für William Drake beginnt das größte Abenteuer seines Lebens ...

Aquanox 2 ist genau wie sein Vorgänger ein rasantes Action-Adventure, angesiedelt in einer düsteren Unterwasserwelt mit majestätischen Unterseestädten, Piratenstützpunkten und verfeindeten politischen Gruppierungen. Das Spiel ist grafisch etwas farbärmer als sein direkter Vorgänger, um die düstere Szenerie der beklemmenden Zukunftswelt Aquas noch weiter hervorzuheben. Die Topographie des Meeresbodens erscheint fast fotorealistisch, während dynamisches Farblicht, umherschwebendes Plankton und die durch die Wasseroberfläche fächernden Lichtstrahlen der Sonne für eine lebendige Unterwasseratmosphäre sorgen.

Spürbar verbessert wurde in Aquanox 2 die Spielsteuerung. Musste man vorher mühsam die schlecht vorkonfigurierte Steuerung einstellen und kalibrieren, kann man jetzt je nach Vorliebe zwischen Shooter- und Simulationsmodus wechseln und sofort loslegen. Unerfahrene Spieler können eine frei regulierbare Zielhilfe nutzen, um auch schwierigere Missionen relativ frustfrei zu meistern.