In der Hintergrundgeschichte übernimmt der Spieler die Rolle der Journalistin Jade, einer bezaubernden jungen Frau, die einer abscheulichen Verschwörung auf ihrem Heimatplaneten Hillys auf die Spur kommt. Fast täglich werden die Bewohner dort von Alienübergriffen heimgesucht. Die bösartigen Kreaturen fallen wie Meteore vom Himmel und richten dann ihr Unheil an. Eigentlich sollte die Alpha-Abteilung - eine Art Regierungspolizei - die Invasoren zurückschlagen und die Bewohner von Hillys beschützen. Doch seltsamerweise ist die Alpha-Abteilung nie im richtigen Augenblick zur Stelle. Nachdem Jade mit den IRIS-Netzwerk - einer geheimen Untergrundorganiation - in Kontakt kommt, offenbart sich ihr die schreckliche Wahrheit. In Wirklichkeit arbeitet die Regierung mit den Invasoren zusammen und ist möglicherweise für das Verschwinden tausender Bewohner des Planeten verantwortlich. Jade wird Mitglied des IRIS-Netzwerkes und versucht, Beweise für diesen entsetzlichen Verdacht zu beschaffen.

Auf ihrer abenteuerlichen Reise, die sie bis in den Weltraum hinaus führt, wird sie zudem von einigen treuen Begleitern unterstützt. Da ist zum einen Pey‘j, ein lustiger Bursche, halb Mensch, halb Schwein, der besonders aufgrund seine Fähigkeiten als Mechaniker unersetzbar ist. Eine andere Figur, die Jade hilfreich zur Seite steht, ist Double H, ein IRIS-Geheimagent, den Jade jedoch erst aus der Gefangenschaft befreien muss. Während Ihres Abenteuers ist Jade auch mit einem Hovercraft und später in einem Raumschiff unterwegs.

Grafisch zeigt sich das Action-Adventure von der besten Seite. Phantasievolle Schauplätze, die wie gezeichnete 3D-Comic-Welten wirken, lassen das Gefühl aufkommen, in einem interaktiven Animationsfilm mitzuspielen. Die Welt von Beyond Good & Evil verfügt außerdem über einen simulierten Tagesablauf mit Tages- und Nachtwechsel, und auf Wasserflächen spiegelt sich realistisch die Umgebung samt aller beweglichen Objekte wie Schiffen oder Schwebegleitern. Ebenfalls auf höchstem Niveau ist die Sounduntermalung und die humorvollen, lippensynchron umgesetzten Dialoge. Einzig allein das etwas umständliche Speichersystem sorgt an manchen Stellen für ein wenig Unmut.