Benutzten die Entwickler in Commandos 1 & 2 noch eine 2D-Engine (gespielt wird aus der Vogelperspektive), verwendet Commandos 3 zwei verschiedene Engines: eine 3D-Engine für die Innenlevel und eine 2D-Engine für die Aussenszenarien. Da das Spiel in den Außenlevels über keine freie Rotationsfunktion verfügt (die Karte kann nur umständlich in 90°-Schritten gedreht werden), geht in den Missionen schon mal die Übersicht verloren. Commandos 3 verlangt dem Spieler viel Geduld ab, da jeder unvorsichtige Schritt die Aufmerksamkeit der gegnerischen Einheiten erregt und das Spiel dann meistens schnell verloren ist.

Commandos 3 verfügt - anders als seine beiden Vorgänger - über eine durchgehende Handlungslinie. Während des Zweiten Weltkrieges sabotiert der Spieler im Auftrag der Aliierten mit seinen sechs Spezialagenten Einrichtungen und Nachschublager der deutschen Invasoren, spioniert Geheimdokumente aus oder zerstört strategisch wichtige Gebäude. Die Einsätze der drei Kampagnen finden dabei in Stalingrad, der Normandie, in Frankreich und Berlin statt. Das Einsatzteam besteht aus spezialisierten Eliteeinheiten mit individuellen Sonderfähigkeiten. So kann beispielsweise nur der Scharfschütze das Scharfschützengewehr benutzen, während der Dieb mit Leichtigkeit Wände hinaufklettern kann, um in gesicherte Gebäude zu gelangen.

Stärker als in den Vorgängern stehen Actionelemente im Vordergrund. Zum Teil muss man in einem begrenzten Zeitfenster feindliches Gelände durchqueren und ist dabei gegnerischem Feuer ausgesetzt. Da sich die deutschen Bösewichter oft gut versteckt haben, benötigt man für die meisten Missionen mehrere Anläufe.

Die grafische Präsentation hinkt dem derzeitigem Standart sichtlich hinterher. Die unzeitgemäße Auflösung von 600x800 Bildpunkten lässt sich nicht manipulieren, und die Steuerung im Bereich der 3D-Innenszenarien erweist sich als relativ umständlich. Dennoch haben sich die Entwickler viel Mühe gegeben, stimmungsvolle Schauplätze zu entwerfen und die Welt historisch korrekt zu rekonstruieren. Auch die Musikuntermalung und die Sprachausgabe machen einen hervorragenden Eindruck. Trotz einiger Schwächen und minimaler Innovationen erweist sich Commandos 3 als gelungenes Taktik-Action-Adventure mit halbwegs spannender Hintergrundgeschichte.