Deus Ex 2: Invisible War bietet ähnliche Möglichkeiten wie sein vielgelobter Vorgänger. Als Alex Denton - wahlweise als weibliche oder männliche Spielfigur - beginnt man das Spiel in der Tarsus-Academy, einer Einrichtung zur Ausbildung von militärischen Eliteeinheiten.

Wie schon in Teil 1 muss sich der Spieler die Hintergrundgeschichte erst erarbeiten. Verschiedene Gruppierungen bemühen sich, Alex Denton für die Umsetzung ihrer politischen Ziele zu rekrutieren. Dabei liegen die eigentlichen Beweggründe der einzelnen Interessengruppen für Alex zu Beginn noch völlig im Dunkeln. Im Verlauf der Geschichte besucht Alex die verschiedensten Schauplätze, die auf dem ganzen Erdball verstreut sind - darunter Seattle, Kairo und sogar das in Deutschland befindliche Trier.

Trotz der in Deus Ex 2 verwendeten 3D-Engine von Unreal 2, hat man im Spiel nur selten das Gefühl, sich durch eine offene Spielwelt zu bewegen. Anders als in Unreal 2 gibt es keine weiten Landschaftsareale zu bestaunen, sondern ausschließlich Innenräume oder die engen Gassen und kleinen Plätze der besuchten Städte. Ebenfalls nicht ganz plausibel ist die Tatsache, dass betäubte oder getötete Gegner einfach im Weg liegen bleiben und sich niemand an ihnen stört. Hier wäre ein etwas realistischeres KI-Verhalten wünschenswert, zumal Invisible War in diesem Bereich noch weitere Schwachpunkte aufzuweisen hat.

Seine eigentlichen Stärken beweist Invisible War bei der im Verlauf der Handlung beständig spannender werdenden Hintergrundgeschichte. Hat man sich erst einmal mit den Eigenheiten des Deus Ex 2-Universums vertraut gemacht, kann man sich kaum noch der Faszination des Spielgeschehens entziehen. Ebenfalls sehr eindrucksvoll sind die naturgetreu umgesetzten Echtzeitschatten. Nahezu jedes Objekt wirft einen realistischen Schatten, der sich auch nach beweglichen Lichtquellen ausrichtet, wie z. B. nach einer schwankenden Lampe.

Deus Ex 2: Invisible War lässt sich alternativ auch wie ein Adventure spielen. Der Spieler kann mit den meisten Spielfiguren kommunizieren und erhält so oft Hinweise und Ratschläge, um in schwierigen Situationen weiterzukommen. Entsprechend der getroffenen Entscheidungen entwickelt sich auch die Geschichte weiter.

Im Verlauf der Handlung gelangt Alex immer wieder an Biomodifikatoren, mit denen sich verschiedene Fähigkeiten aktivieren und verbessern lassen. Hier muss der Spieler aber schweren Herzens eine Entscheidung treffen, denn jeder Installatios-Slot bietet drei verschiedene Optionen, von denen jedoch nur jeweils eine aktiviert und zweifach geupdatet werden kann. Außerdem lassen sich die verschiedenen Waffen mit aufgefundenen Bausätzen optimieren. Der Spieler sollte sich entsprechend seiner bevorzugten Vorgehensweise entscheiden, welche Modifikationen er aktiviert und welche Waffen er wie aufgerüstet. Spieler, die defensives Handeln bevorzugen, sollten Tarn- und Hackerfähigkeiten optimieren, während kampfeslustige Gemüter eher zu Angriffs- und Stärkemodifikatoren greifen.

Trotz einiger unnötiger Schwachpunkte und kleinerer Bugs - so setzen beispielsweise hin und wieder die Lippenbewegungen von Gesprächspartnern mitten in der Unterhaltung aus - erweist sich Invisible War als würdige Fortsetzung des innovativen Klassikers Deus Ex.