Damit es feindlichen Agenten nicht zu leicht fällt, in die Basis des zukünftigen bösen Weltherrschers einzudringen, kann man sie mit einer Vielzahl von Überwachungseinrichtungen und Fallen bestücken. Direkte Kontrolle hat der Spieler ausschließlich über seinen Avatar - hier kann er zwischen drei Oberschurken wählen - und seiner rechten Hand. Sämtliche andere Figuren wie Arbeiter, Kammerdiener oder Techniker reagieren ausschließlich auf allgemeine Befehle und gehen sonst ihren eigenen Bedürfnissen nach.

Um ein wirklich böser Oberschurke zu werden, muss man seinen Einflussbereich auf die ganze Welt ausdehnen. Hierfür kann man auf einer Weltkarte seine Agenten mittels Hubschrauber zu allen möglichen Orten auf der Erde dirigieren. Dort können sie entweder Geld stehlen, eine »Infame Aktionen« starten oder einfach nur abwarten. »Infame Aktionen« - Entführungen, Sabotage, Spionage - sind der Schlüssel zur Weltherrschaft. Nur mit »Infamen Aktionen« ist es möglich, sich im Spiel weiterzuentwickeln und ein wirklich finsteres Genie zu werden.

Grafisch präsentiert sich Evil Genius im Comic-Look der sechziger bis siebziger Jahre. Etwas mehr Verspieltheit in dieser Hinsicht hätte dem Spiel durchaus gut getan. Trotz 3D-Grafik mit Spiegeleffekten wirken die Räume wirken lieblos designt, und auch viele Inventargegenstände machen einen eher kümmerlichen Eindruck.