In der Fortsetzung verschlägt es den Spieler in die Zeit 32 Jahre nach dem Ende des Great War. Die schwer erkämpfte Allianz zwischen Menschen und Vasudanern wird durch einen größenwahnsinnigen Admiral gefährdet. In den aufkeimenden Konflikt mischen sich die gefährlichen Shivaner, um sich für die erlittene Niederlage ein für allemal zu rächen. Für den Spieler ergeben sich so genügend Gelegenheiten, ins kosmische Kampfgeschehen einzugreifen, feindliche Jäger zu eliminieren, riesige Sternenkreuzer zu eskortieren oder in kosmischen Nebeln nach verschollenen Schiffen zu forschen.

Technisch hat sich bei Freespace 2 wenig im Vergleich zum Vorgänger verändert. Auch der zweite Teil basiert auf den Programmroutinen von Teil 1. So sehen zwar die Weltraumhintergründe besser aus, und auch die Special Effects entfalten sich noch ein wenig spektakulärer auf dem Bildschirm, aber ansonsten gibt es kaum Neues zu bestaunen. So bietet Freespace 2 nur minimale Innovationen, ist aber wegen des ausgewogenen Spielablaufs und der immer noch topaktuellen und rasend schnellen Grafikengine das wohl überzeugendste Space-Game auf dem derzeitigen Spielemarkt.