Die Geschichte von Mech Commander 2 spielt vor dem Hintergrund des BattleTech-Universums mit den rivalisierenden Clan-Familien und einer über die ganze Galaxie verstreuten Menschheit, die sich mit schwer bewaffneten riesigen Kampfmaschinen gnadenlose Kämpfe liefert.

In Mech Commander 2 verschlägt es den Spieler als Kommandanten einer unabhängigen Söldnergruppe auf den eigentlich lebensfreundlichen Planeten Carver V. Drei mächtige Clan-Häuser (Steiner, Davcon und Liao) haben Stützpunkte auf Carver V errichtet, um rechtzeitig Besitzansprüche geltend zu machen. Doch bevor eine der befeindeten Parteien einen ersten Angriffsschlag wagt, greifen mysteriöse Mech-Piraten mit ihren Kampf-Kolossen eine Basis Steiners an und sorgen für schwere Verluste. Aufgabe des Spielers ist es nun, den Piraten Paroli zu bieten und die Hintermänner der heimtückischen Überfälle aufzudecken.

Die eigentlichen Kämpfe finden zum überwiegenden Teil auf riesigen Einsatzarealen statt. Meist dirigiert man seine Truppe durch grüne, von Wäldern bewachsene Landschaften mit vereinzelten Wasserflächen. Während einiger Einsätze muß man aber auch in feindliche Basen eindringen und in futuristischen High-Tech-Umgebungen feindliche Mechs jagen.

Microsoft versuchte in Mech Commander 2 eine ausgewogene Mischung aus Komplexität und guter Spielbarkeit zu realisieren. Deshalb sind die Mechs schon in den Standardeinstellungen recht gefechtstauglich konfiguriert und können ohne größere Vorarbeit in den Kampf entlassen werden. Mechspezialisten stehen dennoch ausreichende Tuningmöglichkeiten offen, so daß man allein die Hälfte der Spielzeit mit der idealen Konfiguration und Ausrüstung seiner Mechs verbringen kann.