Der Handlungsrahmen, obwohl anfangs etwas konfus, nimmt im Laufe des Geschehens zunehmend Gestalt an und den Spieler immer mehr gefangen. Im Spiel räkelt man sich im Kommandosessel von Markus Cromwell, einem berühmten Raumschiffkapitain, und gibt seine Befehle. Ein einfacher militärischer Aufklärungsflug wird für Comwell zu einer aufregenden Reise quer durchs Universum. Mit Hilfe von Wurmlöchern springt er von Planetensystem zu Planetensystem und trifft dabei auf ein verlorengeglaubtes Kolonistenschiff der Erde, erhält Kontakt zu verschiedenartigen außerirdischen Rassen (die ihm jedoch nicht immer freundlich gesonnen sind) und muss sich mit übermächtigen, die Menscheit bedrohenden, KIs herumschlagen.

Grafisch zählt Nexus: The Jupiter Incident zu den anspruchsvollsten Space Games auf dem Markt. Raumschiffe und Weltraumhintergründe sind so perfekt in Szene gesetzt, dass man fast glaubt, in einem Science Fiction-Film mitzuspielen. Sogar die wichtigsten Planeten und Monde unseres Sonnensystems wurden nahezu authentisch und unter Verwendung von Fotomaterial der NASA in 3D nachgebaut. Nur die Asteroidenfelder schmälern ein wenig die nahezu perfekte Illusion. Die Gesteinsbrocken wirken etwas zu kantig und stehen völlig starr und ohne Eigenrotation im Raum. Einen besonderen Augenschmaus bieten die atemberaubenden Licht- und Partikeleffekte. Ob es die Triebwerksspuren (hier verändert sich die Lichtfarbe je nach Intensität des Treibstoffverbrauchs) oder die spektakulären Explosionen zerberstender Raumschiffe inklusive davongeschleuderter Trümmer sind - der Spieler kommt aus dem Staunen kaum noch heraus!