Star-Trek-Liebhaber können in Star Trek: Armada nicht nur die Rolle der Föderation, sondern drei weiterer, aus dem Star-Trek-Universum bekannter Völker (z. B. die Borg) übernehmen. Während der einzelnen Missionen, in denen der Spieler nacheinander die Befehlsgewalt über die Weltraumflotten der verschiedenen Star-Trek-Völker übernimmt, entwickelt sich eine spannende Episode. Nur die Fähigkeiten des Spielers entscheiden, ob die Veränderungen im Machtgefüge des Alpha-Quadranten den Völkern Frieden, die völlige Assimilation durch die Borg oder schreckliche Kriege bescheren.

Nutzen Sie die individuellen Besonderheiten der vier Sternenvölker, und entwickeln Sie durch gezielte Forschung schlagkräftige Experimentalwaffen, um gegen übermächtige Gegner bestehen zu können.