Im Spiel übernimmt man die Rolle eines Leibwächters, welcher in ein Attentat verwickelt wird. Als er sich aufmacht, die möglichen Hintergründe aufzudecken, wird er in eine gefährliche Intrigengeschichte, welche das klingonische Reich zu erschüttern droht, hineingezogen. Mit klingonischer Kampfeslust versucht er einen Ausweg aus der Lage zu finden.

Sehr viel Mühe gab man sich bei der Umsetzung des Star Trek-Backgrounds. So trifft der Spieler auf allerlei bekannte Rassen der Förderation und kann unterschiedliche Planeten besuchen. Die verschiedenen Aliens wirken durch feingezeichnete Texturen mitunter recht plastisch. Dieser Eindruck wird jedoch durch die kantigen Bewegungsabläufe etwas geschmälert.

Alles in allem ist Star Trek - Klingon Honor Guard eines der gelungeneren Star Trek-Games, welches eine deutlich bessere Spielbarkeit als Generations vorweisen kann.